Mediante la secuenciación genómica completa, el ANLIS – Malbrán (Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud) confirmó la presencia de la variante de Río de Janeiro en nuestro país (derivada del linaje B.1.1.28), y detectada en Brasil desde octubre del año pasado. La directora científico-técnica del Instituto Malbrán, Claudia Perandones (M.N. 83.079).
Secuenciar el virus implica conocer su plan maestro. Conocer a tu enemigo. La conocida frase del famoso tratado de estrategia del libro El arte de la guerra, de Sun-Tzu, adquiere un carácter esencial frente al virus SARS-CoV-2 que amenaza la salud de miles de personas y pone a prueba la organización y sistemas sanitarios de múltiples países: el coronavirus.
“Una de las mejores formas de conocer un organismo es secuenciar su genoma, que contiene las instrucciones necesarias para hacerlo funcionar. Cuando se produce una pandemia como la de COVID-19, conocer el genoma del agente infeccioso responsable proporciona información con gran relevancia para los investigadores. Les permite identificar qué es lo que causa la enfermedad, conocer su origen y evolución con el tiempo o desarrollar estrategias terapéuticas para hacerle frente”, señala la experta del Malbrán.
La secuenciación genómica durante la pandemia de COVID-19 ha permitido:
A. Determinar rápidamente el origen del virus de su reservorio zoonótico (pangolín).
B. Identificar la dinámica global de dispersión del virus.
C. Analizar y realizar el seguimiento de la virulencia viral.
D. Evaluar la adecuación de las diferentes estrategias diagnósticas tradicionales y evaluar “a tiempo real” el impacto de las medidas de mitigación y control para la toma de decisiones informadas.
E. La rápida identificación de las mutaciones responsables de la segunda ola posterior al verano en Europa, la individualización de afectados “súper-transmisores” (super spreaders) de la enfermedad.
F. Identificar las reintroducciones zoonóticas, como la de los visones en Dinamarca y Francia.
G. La identificación de la “Nueva Variante del Reino Unido Linaje B.1.1.7.”, que presenta un incremento de un 70% en la transmisibilidad de la infección por SARS-CoV-2 y que ya se ha identificado en tres estados de EEUU y en 33 países mas.
H. La identificación de las variantes de Sudáfrica y Rio de Janeiro.
I. La secuenciación genómica es la única tecnología que permite la confirmación de reinfecciones.
“Esta última es además indispensable para el seguimiento de la diversidad de las regiones del genoma como candidatas vacunales a un nivel de precisión de nucleótidos y su comparación en distintas zonas geográficas, y así vigilar la circulación de los posibles vectores de adenovirus. Cabe aclarar que varias de las fórmulas de vacunación se sustentan en estrategias de vectores de adenovirus y, por lo tanto, es fundamental realizar la secuenciación genómica de todos los adenovirus que circulen tanto a nivel nacional como regional, para garantizar la efectividad de la protección a través de la vacunación”, afirma Perandones.
Por su parte, la especialista agrega que “realizar el seguimiento de estas variaciones a través de una vigilancia genómica de la población viral circulante en el país, especialmente, y después la presión vacunal, es fundamental para asegurar la correcta cobertura de los linajes circulantes en la estrategia elegida”. Queda de manifiesto la necesidad de realizar estudios genómicos a gran escala y a tiempo real porque esta es la única tecnología que permite tomar decisiones relevantes para la salud pública.
En ese contexto, la tecnología CovidSeq de Illumina, que es una prueba de secuenciación de próxima generación (NGS) de alto rendimiento, detecta el SARS-CoV-2 en hisopos nasales nasofaríngeos, orofaríngeos y de cornete medio de pacientes con sospecha de COVID-19, fue adquirida por el Ministerio de Salud de la Nación para el ANLIS – Malbrán, que incluye una plataforma robótica, un equipo de secuenciación de nueva generación con alta capacidad de generación de secuencias y una infraestructura informática para estudios de epidemiología genómica, metagenómica e inteligencia artificial a gran escala.
“El equipo de secuenciación CovidSeq de Illumina permite la generación de 360 GB de información de secuenciación en 12 horas. Esto permitiría generar por ejemplo, 3.000 genomas de SARS-CoV-2 en 24 horas, lo cual admite el estudio genómico a gran escala y a tiempo real. La generación de información de secuenciación en el equipo es escalable, eso significa que se puede generar menos información de ser necesario”, explica la directora científica del Malbrán.
“Para que estos estudios puedan ser escalables, dicho equipo está asociado a una plataforma robótica que permite la obtención de material genético de distintas muestras clínicas y el procesamiento posterior en una etapa pre y post amplificación del material genético. Esta plataforma robótica puede ser programada para diversos usos que permiten escalar también el diagnóstico molecular de la institución”, enfatizó Perandones.
A su vez, para poder realizar el análisis y procesamiento de manera eficiente de la información generada, el equipo de secuenciación tiene asociado un procesador más veloz que permite realizar un análisis inicial sin necesidad de trasladar esa información. Esto permite la generación de un reporte de identificación de coronavirus en minutos. Por otro lado, se contempla también la adquisición de la infraestructura informática necesaria para almacenar y procesar la información generada para estudios posteriores de mayor complejidad con un sistema de gestión de información de laboratorio (LIMS), de trazabilidad y de muestras genómicas.
“Solo 3 países en todo el mundo cuentan con esta tecnología, EEUU, Reino Unido y Argentina. Esta plataforma es la única aprobada por Food and Drug Administration (FDA) para su uso diagnóstico por genómica para coronavirus y ya está siendo utilizada por laboratorios de referencia en EEUU y en todo el mundo con esta finalidad”, concluyó la directora científico-técnica del Instituto ANLIS – Malbrán. En este sentido, Pascual Fidelio, director de ese instituto, señaló: “La capacidad de obtener datos de los genomas de diferentes patógenos para poder predecir y estudiar brotes epidemiológicos nos ubica a la vanguardia, dado que muy pocas naciones pueden en estos momentos contar con capital tecnológico y humano a la altura de los desafíos”.
En la misma sintonía, Fidelio sostuvo que “la idea de soberanía sanitaria cobra sentido cuando podemos disponer de tecnología, capital humano y decisión política para brindar salud de calidad a toda la población”. Además agregó: “Mediante este equipamiento lo que pretendemos es expandir los límites en la cantidad de muestras procesadas, la calidad de la información obtenida, el tiempo de procesamiento y, finalmente, generar datos confiables para la toma de decisiones”.
“La posibilidad de utilizar estos nuevos equipos bajo el concepto de plataforma transversal amplía la utilidad para los diferentes centros e institutos no solo del ANLIS – Malbrán, sino del sistema de salud en su conjunto. Además puede ser un importante complemento no sólo para secuenciación genómica, sino también como diagnóstico de patologías en gran escala”, enfatizó su director.
Para finalizar, el directivo del Malbrán remarcó que “la posibilidad de contar con un equipo de última generación permitirá secuenciar en forma masiva genomas completos de SARS- CoV- 2 y esto implica conocer rápidamente el tipo de cepa, linaje y circulación del virus. Con esta información, sumada a otras de carácter epidemiológico, pueden definirse acciones sanitarias, lo cual es clave en contexto de pandemia”.
Fuente: Infobae.
